税務調査は、経営者にとって非常に厄介な物ですが、特にやましいことがなくても、税務署の独断で行われることもあります。では、どういう時に税務調査に入られるのかということですが、まず「利益が出ている企業」ということが前提です。法人だと、3年に1回は入られるという噂もありますが、現実には10年以上入られたことがない中小企業も存在しています。特に、赤字続きの企業に入ることは、まずありません。
調査しても、人件費すら回収できない可能性があるからです。税務調査は、納税の適正化を図るためだけでなく、税務署の収入源という側面もあり、個々の税務官にノルマも課されています。ですから、売り上げの悪い企業を調査しても、時間の無駄に終わる可能性が高くなります。個人事業主の場合も同様のことがいえるので、「追徴課税が取れそうな所」が狙われます。
都会であれば年商1000万円以上、田舎であれば年商500万円以上というのが目安です。これより低い売り上げしかない所は、まず相手にされません。また、売り上げが多くても「課税所得が300万円未満で白色申告」という個人事業主も、対象外となります。白色申告には帳簿を付ける義務がないため、きっちり税金を計算しようと思ったら、得意先や仕入れ先などをすべて調べなければならないので、手間ばかりかかって効率が悪いからです。
とはいえ、確定申告の内容に不審な点があれば、上記の基準以下でも調査に入られることはあるので気を付けましょう。